以方正集團研發管理制度為基礎，方正微電子創建了自己的研發管理陣容，逐漸建立起了一支具有較強技術實力的研發組織。產品開發處現有各類研發人員40余人，已基本形成實現老、中、青三代搭配，階梯型的技術組合，具備自主研發高附加值工藝平臺的能力。
公司于2008成功取得了ISO 9001和ISO/TS 16949的質量管理雙體系認證。在新品開發過程中，我們嚴格遵循質量體系中的APQP流程，高效地開發出數十種具有自主知識產權的工藝平臺。而且到目前為止，這些工藝中的大多數已經成為FMIC的核心技術。下圖為FMIC項目開發的一個基本流程圖。
除此之外，公司在集團的支持下還大力推行產學研相結合的研發體系，成效顯著。在2011年我們正式組建了由陳星弼院士領導的廣東省深圳方正微電子功率集成電路院士工作站，工作站的成立為公司研發新項目提供了堅實的理論技術后盾。深港產學研基地-北京大學深圳SOC重點實驗室自2009年以來在方正微電子派駐技術專家，與方正微電子共同進行高壓工藝平臺的研究與開發。并且，2018年企業研發中心被認定為廣東省功率半導體先進制造工程技術研究中心。
除自主開發新平臺和新產品之外，公司還與日本、韓國、德國等國際著名半導體企業密切合作，獲得他們的技術轉讓與授權。